Signal und Bildverarbeitung in der Bioinformatik (SBV05)

BinBAKK

 

 

Werner Backfrieder

 

Ziel der Vorlesung

 

Im Rahmen dieser Vorlesung werden komplexe Phänomene der Natur durch spezifische Modelle erklärt und analysiert. Die Analyse des  Erbmaterials ist eines der zentralsten Themen der molekular-biologischen Forschung und mit der Entwicklung der DNA-Chips hat sich ein enormes Forschungsgebiet eröffnet. Ziel dieser Vorlesung ist es, aufbauend auf  grundlegende biochemische Prozesse und Technologien der DNA-Chips, Modelle zur Datenanalyse in der Gentechnologie zu verstehen. Die integrierte Lehrveranstaltung bietet neben theoretischen Grundlagen verstärkte praxisorientierte Schwerpunkte.

 

 

 

Inhalte

 

Vorlesung

Grundlagen

 

 

 

Einführung Biologische Grundlagen

mos01.pdf

mos01BW.pdf

Gruber et al.

Technologie der DNA-Chips, Sampling

mos02.pdf

mos02bw.pdf

 

Grundlagen der Farbenlehre

mos03.pdf

mos03bw.pdf

 

Bildbearbeitung

 

 

 

Statistische Beschreibung der Bilder

mos04.pdf

mos04bw.pdf

 

Filter

 

 

Filter.pdf

Segmentierung

mos05.pdf

mos05bw.pdf

 

Mathematische Morphologie

mos06.pdf

mos06bw.pdf

Angulo Serra 03

Watershed Segmentierung

mos07.pdf

mos07bw.pdf

 

Rendering

mos08.pdf

mos08bw.pdf

Literatur.zip

Persistierung

 

 

 

Kompression

mos09.pdf

mos09bw.pdf

Huffman Paper

Datenformate

mos10.pdf

mos10bw.pdf

Tiff06.pdf

Modellbildung

 

 

 

Principal Components Analysis (PCA)

mos11.pdf

mos11bw.pdf

 

k-means Clustering

mos12.pdf

mos12bw.pdf

Skript.pdf

Self Organizing Maps (SOF)

mos13.pdf

mos13bw.pdf

 

 

 

Das Skriptum  enthält die Vertiefung einiger ausgewählter Themen aus der Vorlesung.

 

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Übungen

Matlab-Einführung

mos01ue.pdf

DNAchip.tif , intro.m , HOWTO

MatlabMemo.pdf, ex01.m

Digitalisierung DNA-Chip

mos02ue.pdf

Cy3,Cy5.daten

ex02.m

Farbverarbeitung

mos03ue.pdf

ue3.zip

ex03.m

Histogramm-Einebnung

mos04ue.pdf

images04.zip

ex04.m

Filteroperationen

mos05ue.pdf

dat05.zip

ex05.m, MBVconv2.m

Region Growing

mos06ue.pdf

dat06.zip

ex06.zip

Morphologische Filter

mos07ue.pdf

dat07.zip

ex07.m , inpEX07.mat Spotmask

Segmentierung

mos08ue.pdf

dat08.zip

mat-files

PCA

mos09ue.pdf

hefe.mat

ex09.m

k-means clustering

mos10ue.pdf

hefe2.mat

ex10.m

3D Rendering

mos03Due.pdf

MBVdrawing.zip

ex3D.m

Tiff-Format

 

image.tif, getIFGentry.m